El CIBERDEM está formado por 31 grupos de investigación, pertenecientes a instituciones de naturaleza diversa: hospitales universitarios, universidades, Organismos Públicos de Investigación (OPI), como el propio Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) y el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), y centros de investigación de las comunidades autónomas.
Integra un amplio equipo humano de más de 350 personas, constituido por una amplia plantilla de investigadores propia y miembros de los grupos como personal adscrito al CIBERDEM. Este amplio equipo está formado por investigadores biomédicos, básicos y clínicos, técnicos de investigación y personal de gestión.
El CIBERDEM, área temática del CIBER, pertenece a este consorcio público, por tanto está regido por el Consejo Rector y la Comisión Permanente (órganos de gobierno y dirección) del CIBER en el que participan las instituciones consorciadas.
La estructura organizativa se basa en los objetivos estratégicos y los estatutos que rigen al Consorcio. El gobierno y administración de CIBERDEM se compone de los siguientes órganos:
